El 28 de junio de 1844, después de que el populacho les dio muerte a tiros, los cuerpos de José Smith y su hermano Hyrum fueron puestos en dos carromatos y cubiertos con ramas, para prevenir que se descompusieran bajo el sol de verano. Willard Richards (testigo del martirio de José y su hermano), Samuel Smith y Artois Hamilton trasladaron los cuerpos hasta Nauvoo. Salieron de Carthage a las 8 AM y llegaron a Nauvoo alrededor de las 3 PM. Los miembros de la Iglesia en Nauvoo estaban conmovidos por las noticias de la muerte de José y su hermano, y miles se habían reunido para esperar la llegada del cadáver del Profeta y su hermano.

El día siguiente, se organizó un velorio en la Casa Mansión, que había sido la residencia de José. Miles de dolientes se despidieron del Profeta y su hermano. Para las 5 PM la mayoría de los dolientes se había despedido del Profeta. Los ataúdes de José y Hyrum se llenaron de arena y fueron llevados al cementerio, donde se llevó a cabo un funeral público, pero sus cuerpos fueron enterrados secretamente en el sótano de la Casa Mansión, para que aquellos que quisieran cobrar la recompensa por sus muertes no pudieran encontrar sus cadáveres.

Para el funeral público, John Taylor escribió y leyó un elogio conmovedor, que ahora se encuentra en la sección 135 de Doctrina y Convenios. A continuación se presenta parte del elogio: “José Smith, el Profeta y Vidente del Señor, ha hecho más por la salvación del hombre en este mundo, que cualquier otro que ha vivido en él, exceptuando sólo a Jesús, y desde ahora sus nombres serán contados entre los mártires de la religión; y el lector de toda nación tendrá presente que costó la mejor sangre del siglo diecinueve publicar el Libro de Mormón y este libro de Doctrina y Convenios de la iglesia, para la salvación de un mundo perdido…Vivió grande y murió grande a los ojos de Dios y de su pueblo; y como la mayoría de los ungidos del Señor en tiempos antiguos, ha sellado su misión y obras con su propia sangre; y lo mismo ha hecho su hermano Hyrum. ¡En vida no fueron divididos, y en su muerte no fueron separados!” (Doctrina y Convenios 135:3,6).

William W. Phelps, un amigo cercano de José, también discursó en el funeral. Más tarde escribió el himno “Loor al Profeta” que sigue siendo un favorito de los miembros de la Iglesia. La letra de este himno nos da entendimiento de los sentimientos de los Santos cuando murió José:

“Al gran Profeta rindamos honores. Fue ordenado por Cristo Jesús a restaurar la verdad a los hombres y entregar a los pueblos la luz.

¡Loor al Profeta, subido al cielo! Déspotas luchan en vano contra él, y en el cielo está con el Padre. Nunca la muerte le podrá vencer.

Le recordamos; murió como mártir. Todo el mundo le honrará. Por asesinos vertida su sangre, por la justicia a Dios clamará.

Grande es su gloria; su nombre es eterno. Siempre jamás él las llaves tendrá. Justo y fiel, entrará en su reino y entre profetas se le premiará.

Mundo, ¡alerta! en la lid de justicia; todo delito se debe pagar. Por sacrificios se dan bendiciones; él conocido por miles será.”

Después de la muerte de José Smith hubo un poco de confusión en cuanto a quién debía dirigir la Iglesia. Eventualmente Brigham Young, el apóstol con mayor antigüedad asumió el cargo de la Iglesia. El 8 de agosto de 1844, Brigham Young se dirigió a los miembros de la Iglesia. Los miembros presentes dijeron que mientras hablaba, Brigham se parecía y hablaba como José. Esto confirmó a muchos que era la voluntad de Dios que él fuera el siguiente líder de la Iglesia.